تولى حكم إمارة أبوظبي عام 1845 بعد أن تم
ترشيحه عن طريق عمه "هلال بن شخبوط"، مما شجع وجهاء بني ياس على اختياره
ولكن بشروط صعبة، وكانت فترته الأولى هادئة لا توجد فيها أي مشكلات تذكر، ونظرا
لتوليه شئون الإمارة في سن صغيرة، غضب الناس منه عندما وجدوه لا يهتم بشئونهم
فذهبوا إلى الشيخ المري واشتكوه، ولم يتأخر الأخير عن تلبية طلبهم وذهب لمقابلة
الشيخ "سعيد" فوجده يلعب لعبة تراثية، وكانت تلك الحادثة فاصلة في تاريخ
حكمه.
وكان الشيخ سعيد يعادي الشيخ "مكتوم
بن بطي آل مكتوم" وكل من زايد وذياب أبناء عمه "خليفة". وعرفت
فترته بتزايد الأحلاف واضطراب الأمور بين القبائل، خاصة بعد اتفاقه مع زعيم
القواسم والتحالف معه لسحق كل من أم القيوين ودبي وعجمان. وفي المقابل واجه الشيخ
"سعيد" حلفا مضادا جهز نفسه لقتاله، وأصبح الوضع في المنطقة في غاية
التعقيد. فأغار الشيخ "صقر القاسمي" على أم القيوين بدعم من قبيلة بني
قتب، تلك المعركة التي قتل فيها الشيخ "صقر بن سلطان"، وكادت الأمور
تتفاقم وتتسع دائرة الصراع لولا تدخل بريطانيا التي عقدت هدنة ثم صلح وتحالف بين الشيخ
"مكتوم بن بطي آل مكتوم" مع القاسمي ضد الشيخ "سعيد".
وفي خطوة تصعيدية توقف شيخ إمارة أبوظبي عن
دفع أموال الزكاة لآل سعود، وبدأ في الاستعداد للهجوم بقوات بني ياس عليهم في
البريمي، وهو ما حدث في سنة 1848، حيث انهالت قوات أبوظبي ومسقط بكل قوتها على
البريمي، مما نتج عنه تقهقر قوات آل سعود في أقل من ثلاثة أيام، الأمر الذي أدى بالإمام
"فيصل بن تركي آل سعود" إلى استنفار قوة عسكرية كان على رأسها "المطيري"
لمواجهة الشيخ "سعيد" الذي ترصد له في الطريق وهزمه، فهرب المطيري إلى
الشارقة ليتمكن من إقناعها بمناصرته، وكذلك انضمت القبيسات له رغبة منهم في
الانفصال بالعديد مرة أخرى. وفي سنة 1850 وافق الشيخ "سعيد" على تسليم
القلعتين اللتين احتلتهما قواته في البريمي إلى القائد السعودي "عبد الله بن
بتال المطيري"، ثم اتفق مع زعيم القواسم على حصار "ابن بتال"
وإخراجه من البريمي حتى استسلم ورحل إلى نجد وسلموا حصون البريمي إلى بني ياس. وفي
سنة 1851 انضم زعيم آل أبي فلاسة إلى المصالحة بين زعيم القواسم وزعيم بني ياس.
وكان الشيخ "سعيد" نصيرا لكل من
يستجير به، فساعد أمير البحرين في معركته مع آل سعود الذين استولوا على قطر. كذلك لعب
الشيخ دورا عظيما سنة 1853 في ترسيخ التفاهم بين السعودية ومسقط. وايضا مساعدة
الأخيرة في حربها مع إيران عام 1854.
وقد ترك الشيخ "سعيد بن طحنون" عام
1854 حكم أبوظبي دون سابق إنذار لأخيه الشيخ "صقر"، لكن الأهلي طردوه وقلدوا
مهام الحكم في الإمارة إلى الشيخ "زايد بن خليفة آل نهيان".
